多分Illustratorで作業中に何らかのオブジェクト（複数・複雑なもの）をコピペするなどした後ではないでしょうか。
当方Windows7+CS5にて同じ現象が起こっていました。
そのオブジェクトデータがクリップボードに残ったままAEのウィンドウに移動した場合に
用もないのに毎回わざわざクリップボード上のパスデータを解析しようとするようで、
その結果文字通りの現象によりダイアログが出るようです。
何でも良いので適当な文字列をコピーするなど
クリップボードの内容を置き換えることで解消すると思います。