同じMacBookを使っていますが、アップデート後 作業中にクラッシュしたことは、記憶にはありません。（使用頻度は少なめです）
ただ、MaGotoさんと違うところはOS X 10.11.6を使っていること。
OS Xのβ版を使っていたので、After Effectsのアップデート前からOS X10.11.6でした。
それと、GPUドライバーは NVIDIA Web Driver をダウンロードして使っています。
ただし、After Effects CC 2015.3にアップデートしてからスプラッシュ画面でフリーズしてクラッシュするため、現在はOS X標準のGPUドライバーに切り替えています。
クラッシュ覚悟で試すなら、OS Xは そのままで NVIDIA Web Driverのインストール。
10.11.5専用ドライバー：http://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/102822/en-us
10.11.6専用ドライバー：http://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/105589/en-us
※ MacBook Proはβ版扱いです。
※ アップデートは自動でチェックされます。
それから、可能ならOS Xのアップデート。
エラーログが作成されているようなので、下記のフォルダーに保存されています。
Library/Logs/DiagnosticReports
解決しない場合は、アドビのチャットサポートも利用されると良いですよ。