はじめまして
返信が無いようなので答えれる範囲で返信です
シークエンスの中にシークエンスというのは
コンポジションの中で更にプリコンプしたレイヤーがあると言う事でしょうか？
レンダリングや作業工程は好きにできます
只、通常幾つものエフェクトや大きな画像などCPU等に大きな負荷のかかるような処理は先にレンダリングして素材にしておきます。
そうしておけば、ちょこっと修正するにしても作業が早くなります。もちろん素材にした物も修正が必要であれば無意味です。
仕事の上ではスピードが必要なので、作る際には先にレンダリングしたほうが後々早い、もしくはトライアンドエラーを繰り返すのに
「ここの処理はいじらない」となればそこをレンダリングして更にトライアンドエラーをしていきます。
合成の感じ（光り物などADD合成等）がレンダリングして変わることもあるのでケースバイケースではあります
あくまでも作業工程のスピードを考えてのレンダリングなので必要なけれなば一片にレンダリングでも問題ないです。
私は細かくレンダリングして起きます
結果、早いです