こんにちは、keirumaoさん
OSは何を使用していますか。
最新のOSですと、動作保証されていませんので、正常に動作しない可能性もあります。
After Effects CS6の動作保証OSは下記リンクをご覧ください。
必要システム構成： Adobe® After Effects® CS6
また、Adobeの文書「おかしいなと思ったら」（下記リンク）の「B. 環境設定フォルダーの再作成」を試してみてください。うまくすれば改善するかも分かりません。
下記リンクの文書はCC用です。CS6の場合は、フォルダーを「11.0」に読み替えます。