Motionの現行バージョンは5.3のため、Pro Importerが対応していないようです。
Motion 5以降のファイルを読み込むには、Mac版に有料のサードパーティプラグイン「Automatic Duck」（アドビ買収後に開発されたもので、開発会社は異なります）をインストールした場合に限られ、Windows版では対応できません。
どのバージョンから対応できるかは不明ですが、たとえ、以前のバージョン形式で保存できたとしても、機能が制限されたり、サードパーティプラグインを使っていた場合など、同じ表現にはなりませ ん。
Motionを持っている方に、QuickTImeビデオ形式にレンダリングしてもらう方法しかないと思います。