操作の確認ですが、
After EffectsからMedia Encoderへキューを送る手順は、
1. プロジェクトを保存
2. レンダリングするコンポジションをプロジェクトパネルで選択する。（１個または複数同時）
3. 「Adobe Media Encoder キューに追加」で、Media Encoderにコンポジション名で送られます。
また、After EffectsのプロジェクトファイルをMedia Encoderに直接ドラッグ&ドロップした場合もコンポジションを選択するダイアログが出ます。
レンダーキューに追加して設定した内容は、After Effectsでレンダリングする時のみ反映されます。