こんにちわ
Adobe Dynamic Linkけっこう止まりますよね、自分もよく現象起きます
といってもプロジェクトが重かったり、素材がUSB2.0の外付けに有ったりする場合転送速度の関係上読み込みがおかしくなったりするんですよね
トラブルだとすると試しにそれぞれのソフトの環境設定を初期化してみてはどうでしょうか？初期化なので環境設定項目はデフォルトに戻りますが稀におかしくなるようなのでー
AfterEffects
http://help.adobe.com/ja_JP/aftereffects/cs/using/WS37cb61f8f3397d86-164c9f19127035dd253-8 000.html
Premiere Pro
http://helpx.adobe.com/jp/after-effects/using/preferences.html
AdobeMediaEncoder
http://help.adobe.com/ja_JP/mediaencoder/cs/using/WSb8e30982e628fbec-54c04a521312559a5de-7 ffc.html