お使いのOSとバージョン、After effectsのバージョンもお知らせください。
関連がありそうなところでは、環境設定／一般設定／スクリプトによるファイルへの書き込み･･･
には、チェックが入っていますか。
また、下記の記事にあるように環境設定やプラグインに関連するフォルダーへの 読み/書き ができる権限で利用しているか確認してください。
fixing permissions problem that impedes start of Adobe applications | Creative Cloud blog by Adobe