CPUの稼働率が悪いのは、マルチコアに対応してないためです。
CC2015(13.5)以前は「複数のフレームを同時にレンダリング」により、複数のコアと大量のRAMがあれば、CPUの稼働率は上がっていましたが、現在は１フレームづつでも効率がいい 方法に変わっているようです。
After Effects CC 2015 （13.5）で使用できなくなった機能
Quadroの場合、After Effectsには当てはまりませんが、NVIDIA調べでQuadroをマルチにするとPremiere proの最終レンダリングが早くなっています。
Adobe Premiere Pro CC – さらにスピーディーなビデオ編集 | NVIDIA
After Effectsのレンダリングに時間がかかるのは、どのようなエフェクトや機能を使っているかによるので、その辺りを書き出してもらうと、良い回答も得られるかもしれません。
例えば、レイトレース3Dや3Dプラグインを使っていると時間はかかると思います。