こんにちわ
改善したようで良かったです！AEはドラッグの仕方で動作が異なるのでなれるまでは大変かと思います！
>スクリプトで書き出す方法で保存してからAEに読み込んで
こちらよろしければそのチュートリアルのURLなど貼り付けて頂けるとわかるかもしれませんー、すみません想像でなくて...orz
マスクなんですが、マスクというのはマスキングテープと思っていただくとわかりやすいかもしれません
何かを塗装する場合など、色を塗りたくない所をマスキングテープを貼ると思いますがそれと同じで変更したくない場所をマスクで覆ってあげる、もしくは変更したい場所以外をマスクで隠してあげる というのがマスクになります。
アニメーションの動きでマスクが必要な場合なんですが、イラストではなく映像で例えるとわかりやすいと思います。
例えば人物を撮影していて背景を隠したい、別の背景と合成したいとなることがあると思います。
その時に背景を隠すのがマスクです、動画は常に動いているので動きに合わせてマスクを作ってあげる必要があるのです。
今は映像に対してマスクを簡単に作成するツールもAEには付いているので以下の動画を見ればわかりやすいかもしれません
マスクを作成するツール「ロトブラシ」
GS-02: 動画のマスク切り作業とエフェクト | Learn After Effects CS5 & CS5.5 | Adobe TV