うどんFCさん、お早うございます。
昨晩、試みた結果を報告します。
１．４個の読み込み方法の確認
①NG。「After Effectsコンポジションを読み込み」ウインドウで、左側でAeファイルを選択しても右側でコンポジションが表示されませんでした。
②NG。今回の不具合提起のとおりです。
③NG。取り込み先にはCドライブのみ表示されて、データを保存してある「ビデオ」や「ピクチャ」フォルダーが見つからず、読み込みできませんでした（私はメディアブラウザー使用の経験がない ことも影響あるかもしれません）。
④NG。AeファイルをD&Dすると、正常に表示されました。「やった！」と思ったのはつかの間で、続いて２個目のAeファイルをD&Dすると正常に表示されましたが、今度は最初のファイルが リンク切れになってしまいました。
２．最初に提示頂いたパーミッションのところ
Cドライブの階層を下げて行きましたら、何と「AppData」フォルダーがありませんでした。「なぜっ？」と大変驚きました。
知人は、Cドライブを開いたことはないと言っています。
またこれは関係あるかどうか解りませんが、セキュリティソフトはウイルスバスターが入っています。
３．Prでm2tsファイルの読み込み
「Adobe Premiere Pro CS6は動作を停止しました。
問題が発生したため、プログラムが正しく動作しなくなりました。プログラムは閉じられ、Windowsから通知されます。」
と表示され、読み込みできませんでした。
どうして「AppData」フォルダーが消えてしまったか、？？？です。
他のソフトでも起動や作動等に問題が出るかもしれませんね（未確認ですが）。
以上です。宜しくお願いします。