最近の3Dソフトとの連携は、3Dソフト会社が開発したAfter Effectsから自社のファイル形式で出力するスクリプトを利用できます。
以前のバージョンを使っていて対応していない場合は、ネットでスクリプトを検索して利用することになります。
例えば下記サイト
General Scripts Library - AE ENHANCERS
3D形式のファイルを出力するスクリプト(プラグイン)としては、Collada、FBX形式のものがあります。(なお、全ての3Dソフトまたは、Unityで情報が読み込めるかは保証されて いません)
Collada Import/Export plugin for After effects
しかし、ご質問のモーショントラッキングのデータについては、2Dデータのため上記の方法で出力できません。
物体が静止していて、カメラだけが動いている状況であれば、3Dカメラトラッキングを使ってカメラのモーションと平面またはヌルの位置データを出力できます。