まずひとつめの
>- aftereffectでタイムラインの0;00;30;00にインジケータが行かない
という件ですが、これは正常な動作です。1秒のコンポジションでお考えいただくとわかりやすいと思います。
29.97fps ドロップフレーム（DF）にて1秒のコンポジションを作っていただきますと、0;00;00;00~00;00;00;29となります。一見、29フレームしかなく1フレーム足りないように 見えますが、0;00;00;00が1フレーム目ですので、00;00;00;29が30フレーム目ということで、合計30フレーム（1秒）あることになります。
次にふたつめの
>- 書き出すと30秒代（最後の秒）に黒い画面が入る
という件ですが、これはQuickTime Playerの仕様だと思います。おそらく、単純に再生ボタンを押して最後まで再生していただきますと、黒い画面にならずラストフレームで停止すると思います。しかし、再生ヘッドをマウスで ドラッグして右端まで動かしたりしますと、黒い画面が表示されるようです（QuickTimeのバージョンにより挙動が異なるかもしれません）。
AfterEffectsやPremiere Proに読み込んだり、QuickTime Player以外のソフトで再生していただくと、問題ないと思います。